À moins de six mois du début des Jeux olympiques, Tony Estanguet se retrouve au cœur de la polémique. Le président du Comité d’organisation des Jeux Olympiques et Paralympiques de Paris 2024 (Cojop) est en effet visé par une enquête du Parquet national financier afin de s’intéresser de plus près à la rémunération de l’ancien athlète, comme le rapporte l’AFP. Depuis sa nomination à la présidence du Cojop fin 2017, Tony Estanguet a perçu une rémunération annuelle de 270 000 euros bruts jusqu’en 2020, selon des chiffres communiqués par l’instance en 2018. Ce salaire pouvait ensuite augmenter dans une limite de 20% selon certains critères de performance. Pour rappel, le Cojop une association de type loi 1901, pour lesquelles la rémunération des dirigeants est plafonnée. Cependant, la limite ne s’applique que pour les associations non-lucratives. Dans ce cas précis, le Cojop possède des recettes, avec la billetterie par exemple.
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De plus, d’après le Canard enchaîné, Tony Estanguet aurait créé une société facturant des "prestations non-commerciales" au Cojop, interrogeant sur la question de statut du triple champion olympique de canoë (2004, 2008 et 2012). Dans des propos du Cojop rapportés par France Info, il est indiqué que Tony Estanguet aurait créé sa société pour facturer ses prestations à l’instance en tant que travailleur indépendant, sous forme de bénéfice non-commerciaux. Un montage "atypique" pour l’Agence française anticorruption, mais validé en 2019 par le contrôle général économique et financier.
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À l’occasion de l’inauguration de la piscine Annette Kellerman à La Courneuve, Tony Estanget a réagi à l’enquête dont il faisait l’objet ce mardi 6 février : "Je fais confiance à ce qui a été décidé à l’époque de ma prise de fonctions. J’ai appris ce matin (mardi) qu’il y aurait une enquête. Le système qui a été décidé à l’époque, c’était que je ne pouvais pas être salarié et qu’il fallait créer une structure ad hoc qui facture chaque mois au comité d’organisation. Depuis le début de la création du comité d’organisation, il y a un comité des rémunérations avec des experts indépendants, un conseil d’administration qui se sont positionnés, il y aussi les services de l’Etat, et un contrôle général économique et financier de Bercy qui ont encadré mon niveau de rémunération, le statut de ma rémunération. On se rendra disponible comme on a fait depuis le début pour répondre aux questions qui nous seront posées."